Apolar Aminoasitler; Hidrofobik özellikleri baş gösterin grup içinde barındırırlar. Elektrostatik bağlar oluşturamayan amino asitlerdir. İçlerinde genel olarak oksijen veya azot yoktur. İlk olarak proteindeki özel bir boşluğa hangi amino asitin en güzel ve oturaklı halde belirleneceği ve uyabileceğini belirleyen) büyük,hacim ve şekillerine göre gruplandırılırlar. Van der Waals kuveetleri ve hidrofobik etkileşimler sayesinde zincirler oluşturup etkileşimlerden dolayı bir arada kalırlar.
-Glisin
-Alanin
-Valin
-Lösin
-İzolösin
-Fenilalanin
-Triptofan
-Metiyonin
-Prolin
Polar Yüksüz Aminoasitler;
Polar yüksüz aminoasitler, nötral pH’da değersizlerdir. Bu zincirdeki amino asitlerin bir sonraki zincirleri sıska asit bazlardır. Fizyolojik pH’da bütün olarak yüklü olmamışlardır. Ancak belli bir bölümleri artı ve belli bölümleri eksi içerir.
-Serin
-Treonin
-Asparajin
-Sistein
-Glütamin
-Tirozin
Polar Asidik Aminoasitler
Polar asidik aminoasitler, fizyolojik pH’da olumsuzluk olarak belirginlerdir. ve asidik özellikleri vardır.
-Aspartik asit
-Glütamik asit
Polar bazik aminoasitler
Polar bazik aminoasitler, bir sonraki gruplarında proton alıcı moleküller taşıma görevi görürler.
-Lizin
-Arjinin
-Histidin